二枪从黄兴身边掠过，第三枪从吴颂华胯下而过。宋教仁身子一晃，踉跄了几步，便趴倒在一张椅子上。
车站里顿时大乱，有的人吓得钻到椅子下面，有的人拼命向门外奔跑。黄兴、廖仲恺等人也慌了手脚，连忙扶住宋教仁，问他怎么了。鲜血从宋教仁的腰部直涌出来。于右任赶紧跑到车站外拦住了一辆汽车，把宋教仁送到了离车站最近的沪宁铁路医院抢救。
宋教仁被送到医院，已是半夜12点，直到第二天凌晨，德国医生才取出了宋教仁身上的子弹。子弹是从后背射入体内的，伤口离心脏很近，使宋教仁疼痛难忍，但他当时神志还很清楚。他用手把于右任的头拉到胸口，喘息地说：“吾痛甚，殆将不起，今以三事奉告：（一）所有在南京、北京及东京寄存之书籍，悉捐入南京图书馆。（二）我本寒家，老母尚在，如我死后，请克强与公及诸故人为我照料。（三）诸公皆当勉力进行，勿以我为念，而放弃责任心。我为调和南北事费尽心力，造谣者及一班人民不知原委，每多误解，我受痛苦也是应当，死亦何悔？”
又授意黄克强代拟致袁世凯的电报一件。电文说：
“北京袁大总统鉴：仁本夜乘沪宁车赴京，敬谒钧座。十时四十五分，在车站突被奸人