后来朱元璋借助明教的力量打败元朝，登基称帝，反过来倒把明教列为邪教，加以严厉打击。明教只好把这个明字分拆开来，改为自称日月神教（当然，教外人士还是遵循老规矩，依旧称呼它为魔教）。
经此大变之后，教内组织架构也有所转变。教主和光明左右使者不变，下面却撤销了四大/法王和五散人，也没有了五行旗。改为天地堂、风雷堂、青龙堂、白虎堂、朱雀堂、玄武堂、勾陈堂、螣蛇堂、梼杌堂、獬豸堂等合共十堂。每一堂设置一位长老，加起来就是十大长老了。
日月教中，教主是一教至尊，等闲绝不出动。左右光明使者为教主之左膀右臂，分别辅助教主管理内外政务，也极少参与厮杀争斗。所以和江湖中以五岳剑派为首的正道打交道最多者，正是这十大长老。
八十余年前，日月教夜袭武当山，把张三丰真人壮年时候随身所用的宝剑“真武剑”，及其手书的一部《太极拳经》同时抢了去。虽然双方各有死伤，经书宝剑终于落入日月教手里未能夺回。这是武当派的奇耻大辱，八十余年来，每代掌门临终前留下遗训，都必定是夺还此经此剑。但黑木崖壁垒森严，武当派数度明夺暗盗，均无功而还，反而每次都送了几条性命在黑木崖上。