相乐总三的所作所为，却引起了明治政府和大商人以及地主阶层的深深忌惮。他们对以相乐总三为代表的民间武装产生了极大的恐惧。于是自食其言，撤消《年贡减半令》，并发出命令，全面禁止相乐总三等民间东征武装在东山道一线的活动。在命令中攻击民间诸队“全系无赖之奸徒”，特别提到相乐总三的赤报队说：“其下属无赖之徒相互纠合，伪借官军之名，自称向导队、赤报队，虚张声势，劫掠农商，意欲渐次东进。”下令加以逮捕，一时间腥风血雨。
相乐总三悲愤至极，不断上书自辩。但明治政府却为了稳住其麾下部队，将相乐总三骗至当时的东山道总督府大本营。相乐总三一行六十余人抵达之后，便被逮捕。全部被绑缚在大树上，任凭风吹雨淋，也不给任何饮食。几天后的傍晚，未经任何审讯，也不给相乐总三等人任何辩解的机会，就以虚构的莫须有罪名，在下诹访友之町的磔田将其匆匆斩杀。临刑前，相乐总三镇定自若，先遥拜皇宫，而后吩咐持刀行刑的刽子手：“干得漂亮点！”吓得第一个刽子手心慌手软，竟一刀未将其砍死。身负重伤的相乐总三怒喝到：“换一个来！”第二个刽子手跑来帮忙，才将其杀害。相乐总三时年还不到三十岁。
为推翻幕府封建统治而舍身