但两税法在实施过程中也存在不少弊病。
其一，税外加征，使人民负担逐渐加重。本来按照制度，各项赋税均已纳入两税之中。事实上两税法行之未久，政府财力就出现匮乏，于是常常巧立名目，加征税课，以增加税收。德宗建中二年（781年）五月，“以军兴，增商税为什一”。建中三年（782年），淮南节度使陈少游请在本道两税之上，“每一千加二百”，得到德宗的批准，并下令各道一体实行。贞元八年(792年)，剑南西川节度使韦皋奏请“加税什二”，随后两税数额不断提高。
其二，配赋不均。两税法以大历十四年的垦田数为准，各州各道按照所掌握的旧有数额进行摊派。但由于战乱，田亩数变化很大，而仍以旧额摊派赋税，显然是不合理的。
其三，折钱纳物致使人民负担随币值的波动而波动，不稳定。两税法实行初期，钱轻物重，物价较高，后来由于物价不断下跌，货币税额不变，造成钱重物轻，人民负担就自然加重了。陆贽上疏说：“往者纳绢一匹，当钱三千二三百文，今者纳绢一匹，当钱一千五六百文，往输其一者，今过于二矣。虽官非增赋，而私已倍输，此则人益困穷。”
正是在各方面压力之下，两税法在实行