神策军进入京师，本人也成为继程元振之后又一位控制朝政的宦官。《旧唐书·鱼朝恩传》记载“时四方未宁，万务事殷，上方注意勋臣，朝恩专典神策军，出入禁中，赏赐无算。”鱼朝恩凭借神策军进入京师，他深知神策军就是他权力的最好保障，因而在其掌握大权期间，对神策军的实力进行了根本性的提升。
首先是使神策军正式成为禁军。永泰元年九月，唐叛将仆固怀恩诱吐蕃、回纥入寇京城地区，十数万蕃军逼近京师。唐代宗下令京师戒严，“上亲率六军屯苑内。庚戌，下诏亲征。内官鱼朝恩上言，请括私马，京城男子悉阜衣团结，塞京城二门之一。”鱼朝恩率神策军屯苑中。吐蕃退去后，神策军正式驻防禁苑成为了中央禁军，完成了身份的转变，成为禁军的神策军随后便迎来了其发展史上的一次高峰。
永泰二年，鱼朝恩的权势因二次护驾而再次扩大，他的官职和爵位除原有的“开府仪同三司、兼右监门卫大将军、仍知观军容宣慰处置使、知内侍省事、内飞龙闲厩使，内弓箭库使、知神策军兵马使、上柱国、冯栩郡开国公鱼朝恩，……(又加)可行内侍监，判国子监事，充鸿肿礼宾等使，封郑国公，食邑三千户。’，鱼朝恩之权势比之其前辈更是有过之而无不及。“朝恩态横