日军师团编制采用二旅制的方块制，一个师团下辖二个旅团，以及若干直辖工辎炮骑兵等直属联队。旅团下辖二个联队，每个联队下辖三个大队及若干直属中队。
其联队编制相当于中国的团级编制，大队的编制相当于营级编制。
日军的步兵大队下辖四个步兵中队及若干直辖小队，每个步兵中队下辖三个步兵小队。这种编成也十分类似于北洋新军的每营四连制、每连三排制的结构。但是日军相当于排级的小队编制人数高达六十人，所以其相当于连级的中队编制兵员达一百九十四人。
从兵力上来说，日军的步兵大队虽然相当于北洋新军的营级编制，但其真实的实力应该是与北方军的步兵营编制类似的。甚至，日军的联队规模超过了北方军的步兵团，因为北方军的步兵团并没有直属的火力支援中队。
但是旅级规模而言，北方军的混成旅则大于日军的步兵旅，因为日军步兵旅团没有单独加强炮兵大队，只有七千五百人左右。北方军的混成旅编制人数则高达八千二百多人。
在赤塔正面的是日军的第七师团，兵力二万二千多人，火炮一百门左右。抢占庙街等地的第十二师团主力也开始移往尼布楚方向，后方只留下了一个旅团负责驻守庙街和