仲恺的建议之下，西南诸省在组建护国军的同时，还要成立护国军政府，确保在政治上能占据一席之地，并且给所有反帝制的地区提供指引和依托。
所有相关细节和文件筹备，都在会议进行期间陆续完成。
等到会议结束之时，许多基础工作基本上都已经完成。昆明的几位大商户捐出了一栋大楼，用作护国军政府的办公驻扎地。在唐继尧、刘显世、任可澄以及孙中山、廖仲恺等人的推举之下，由蔡锷出任护国军政府大将军，执掌护国军所有军务。
蔡锷随即马上着手对西南诸省各路军队进行整编，定制护国军相关章程和番号。
护国军政府这边则在蔡锷忙于军务之际，又立刻举行了一次选举会议，决定尽快确定军政府的首脑人物。对于西南军阀而言，他们心中所属意的人是唐继尧，不仅是因为唐继尧与他们的利益更为贴近，再者在整个西南诸省当中目前就属云南最有实力，给唐继尧和蔡锷都扣上大帽子，此二人自然要承担更多的责任并且投入更多的本钱。
然而中华革命党和西南诸省的资产阶级革命派，以及一些社会贤达，大部分却是希望能够拥戴孙中山出任军政府的首脑。蔡锷掌武，孙中山掌文，双方都能最大化调动和发挥反袁、反帝