然而，就在一六四六年八月，洪承畴奉旨招抚各地官员时，来到了福州。洪承畴约郑芝龙密谈，郑芝龙依言而去。
洪承畴问郑芝龙：“你不惜花费钱财助唐王反清复明，是为了什么？”
郑芝龙说：“自然是为了功名利禄！”
洪承畴说：“俗话说，识时务者为俊杰，老朱家气数已尽，你若勉强为之，是逆天意而行。你一事无成不说，还会血本无归。”
郑芝龙想这一年来，自己花钱确实不少，但响应唐王反清复明之士并不多，大多数人都投到鲁王门下了。因此觉得洪承畴的话确有几分道理，却又不甘心如此放弃，便对洪承畴说：“你所说的话确实没错！但如果我继续扶持反清复明大业，还可望有成。然而我若现在放弃，那我以前的钱全白花了。”
洪承畴一听，便知郑芝龙在与自己讨价还价。心里一合计，便有了主意，笑对他说：“你若投诚于我，我有皇上的尚方宝剑，可保你既不亏血本，还能得功名！”
郑芝龙一听，心想：助唐王反清复明是为了功名，投降洪承畴也是为了功名，权衡二者，还是投降洪承畴容易些，而且自己不吃什么亏，郑芝龙便答应了。
郑芝龙答应降清之事，被其子郑成