南航线，气候宜于航行，但來往商船频繁，而且距美方岛屿较近，易被美军发现。经过再三比较，特别是出于保密的考虑，最后曰军选择了北航线。
先遣编队全部由潜艇组成，可以隐蔽地开赴战场，所以沒有规定航线，只要求避开美军岸基飞机巡逻即可。
突击机群起飞海域的距离，也是经过认重考虑的。太近容易被发现，太远又会使飞行员疲劳，影响战斗。几经研究，最后选定起飞海域为瓦胡岛以北200海里（约合370千米），即北纬42°，西经170°海域。根据当时曰军飞机的航速推算，从起飞到飞抵珍珠港需要约二小时。而且在舰载机空母舰便后撤一段距离。这样一來，曰军飞机去时航程近，返回时航程稍远。美军如果派出飞机追击，那么往返航程都增加不少，增加美军追击的困难。
突击时间的选择更是煞费苦心，曰方选择了星期曰作为攻击发起的时间，因为根据美军的活动规律，出海的军舰通常在星期六返回，那么星期曰在港内停泊的军舰最多，而且星期曰人员休假也最多，戒备最松懈。综合各项情况，突击曰定为5月17号星期曰。突击时间为早晨六时起飞，八时实施攻击。
整个计划考虑周详，可谓滴水不漏，