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说到清廷的内部矛盾，其实是来自两个方面。
其一，是满蒙之间的矛盾。眼下清廷尚有三万余兵马和包括王公贵族家属在内不足三万人的部众，而随着清廷一起西进的科尔沁六旗加起来也有二万五千骑及六万多部众。从这些数字来看，就算科尔沁六旗眼下的战力不如清廷，但就未来的潜力来说，远在清廷之上，实际上已经出现太阿倒持的现象。更不要说本地投靠过来的巴尔虎、布里亚特、茂明安等部也是蒙古人，几部蒙古人加起来已经对满人占有了绝对的优势，足以让清廷上下对此惶惶不安。
其二，是满人自身的矛盾。由于在伯力屯、同江口的连续失败，禁旅八旗的兵力只剩下四千余人，博果铎、衍潢等人统领的诸王联军也在与俄军的几次交手中折损不少，因为如今超过三分之二的兵权都在允禵手中，臣强主弱的格局进一步强化，让不少人都对此深为警惕。
为了解决这两个关系到清廷最后存续的内部矛盾，同治三年十月十九日，清廷在博尔贾举行了廷议。在廷议上，前吉林将军觉罗杨福提议将科尔沁六旗以外的蒙古人整编为蒙古八旗，由满洲贵胄担任旗主和都统，在蒙古人当中选拔副都统，以强化对其的控制。
“杨福大人这个