巴达维亚总督和评议会以保全个人财产为由，向华夏提出投降的先决条件。对此，已经从凌牙门赶到巴达维亚的大都护林耕断然拒绝，只允许每个荷兰人保留三百荷兰盾的财产，其余一律作为华夏军费的赔偿，同时要求巴达维亚评议会答应将细兰全岛和东印度普利卡特、萨德拉斯的商业据点以及荷属澳大利亚全部交出。
巴达维亚评议会认为丢了东印度群岛之后，斯里兰卡和普利卡特、萨德拉斯以及荷属澳大利亚一样保不住，可以将上述四地交给华夏作为赔偿的一部分，但是华夏不能在随后彻底中断了夏荷贸易，同时还希望提高每人保留财产的份额。
对于朝廷希望在夺取领土后继续保持贸易的心理，林耕是有所了解的，因此爽快的答应了荷兰人的讨价还价，只是对于荷兰人希图保留更多个人财产的要求做了坚定的抵制。此时，攻克各地荷军堡塞的夏军逐步返回巴达维亚，胜券在握的林耕便向荷兰人下达了最后通牒，要求其在六月十五日中午前开城，逾期将视作拒绝投降。
在林耕的逼迫下，巴达维亚方面最终无奈的接受了通牒。
六月十五日上午，巴达维亚守军开出城外，正式向刘文来投降。双方随后签订《椰城条约》，正式将荷属东印度及荷属斯里兰