龙骧军第三师也调整了兵力部署，该师主力从辽东前线撤出；师指挥部与师属中垒、辎重、炮军等团进驻胶澳；下属第一旅被调往海东都护府负责在虾夷地、千岛群岛的防务；该师白兵团回镇西归浦镇守府；第三旅北移至窝阔湾镇守府，预备投入统门河（图们江）一线对清廷的战事，只有该师第二旅还留守在旅顺，随时准备加入辽东正面战场。
浙海水师也改名为镇东水师，但其编制内镇守府、舰队、分遣队的序列保持不变，只是原辖龙骧军第二师为新近编成的龙骧军第五师所取代。
闽台水师改名镇南水师，下辖海坛、基隆、南澳、屏东等四个镇守府及第三巡洋舰队、第四巡洋舰队、第六巡航舰队、第四信报船舰队、第二军输船舰队和龙骧军第一师。
闽台水师原属纳闽分遣队撤销，所属第五巡航舰队编入新成立的苏禄水师。苏禄水师负责巴士海峡以南、菲律宾群岛内侧至北勃泥都护府所属蜈蜞屿土府之间的南中国海东部海域及苏禄海西侧、苏拉威西海西侧直至望加锡海峡西侧的广大海域的巡航任务。
苏禄水师下辖山打根、长岛、纳闽、新晋、巴厘巴板等五个镇守府及第五巡航舰队、第八巡航舰队、第五信报船舰队、第六信报船舰队、第七军