龙骧军、三个团的伏波军、七千余神策军以及海峡舰队的部分上陆水兵，战争结束后柔佛、朋亨、丁家奴等四个算端土国被迫臣服，并且割让方圆一千余里（注：约七千平方公里）的土地。藉此，凌牙门都护府建立了直属的新山、关丹、隆平等近二十个巡检司，并安置日裔神策军近三千口。
由于在战争中没有明确找到荷兰人挑唆的证据，因此华夏方面不得不继续限制对金洲（苏门答腊）的渗透，但是为了表示不满，华夏中枢遂命令凌牙门都护府先后控制了廖内群岛、林加群岛并迫使巨港苏丹割让半个邦加岛设立了槟港镇守府。此外，华夏中枢还以凌牙门都护府距离婆罗洲太远，管理不便为由，重新设立了西勃泥都护府并同时新建了南勃泥都护府、西南勃泥都护府和东南勃泥都护府等婆罗洲拓殖单位。
面对华夏咄咄逼人的进攻势态，荷兰人便与葡萄牙人达成和议，承认葡萄牙人在帝汶岛及东努沙登加拉群岛的存在，并且同意将阿镇临近的北苏门答腊亚齐算端国、棉兰算端国视为葡萄牙人的势力范围，藉此空出手来加强其在巨港算端国、詹卑算端国、廖内算端国等南苏门答腊的存在，以对抗华夏的侵入。
可是按下了葫芦起了瓢，荷兰人刚刚安抚了同病相怜的葡萄牙人，