浙海水师另外还下属崇明镇守府、大衢山镇守府、三都澳镇守府和龙骧军第一师，其中龙骧军第一师第一旅驻宁波、第二旅驻嘉兴、第三旅驻太仓、师统制部和师直属团哨驻松江。
负责福建、东宁、潮州沿海及东沙、中沙、南沙并纳闽、长岛诸海域巡航的闽台水师下属第三、第四巡洋舰队、第五巡航舰队、第六巡航舰队、第四信报船队、第二军输船队、第四军输船队和纳闽分遣队。
其中第三、第四巡洋舰队与第一、第二巡洋舰队一样各编制三个标准巡洋舰分舰队；第五、第六巡航舰队则各辖三个标准巡航船分舰队；第四信报船队下辖两个标准信报船分舰队；第二、第四军输船队各辖三个标准军输船分舰队；纳闽分遣队则由上述各部抽调舰船、人员组成，负责纳闽、长岛、南沙、中沙等北婆罗洲附近海域巡航任务。
闽台水师另外还下属海坛镇守府、金厦镇守府、澎湖镇守府、南澳镇守府、纳闽镇守府和龙骧军第三师，其中龙骧军第三师主要驻扎在东宁地区，另有一个团左右的兵力日常轮戍纳闽地区并协助纳闽镇守府、纳闽都护府震慑文莱苏丹国，确保各世袭都总管控制北婆罗洲。
负责广东、广南、琼州、安南、越南、金兰、占城、真腊、暹