力统治下的政教合一制度。
元朝把藏族地区的分裂局面统一在中央王朝的统治之下。中央设置宣政院（初名总制院），管理全国佛教事务及藏族地区军政事务，以西藏萨迦教派第五世祖师八思巴为帝师并兼宣政院事。在藏族各聚居区分设三个宣慰使司都元帅府，分别管辖西北、西南各省藏族地区和西藏地区，并在乌思藏（指阿里以东的前、后藏地区）设置了十三万户府，派员前往清查户口，建立驿站，厘定赋税。由中央颁发封地文书肯定各地封建领主对所属庄园的占有，封赐印信诰命以确立各级官吏的职权，史称元朝“郡县土番之地”，这是中央正式在西藏官建制的开始。明、清两代对藏族地区的施政，就是在元朝旧制的基础上发展起来的。
明朝对西北、西南藏族地区，基本承袭元朝统治管理的办法，对西藏地区退行“多封众建”政策，先后分封三大法王和五大地方之王。同时，通过朝贡和回赐，互通有无，体现西藏与中央政治上的隶属关系。
明代中叶之后，明廷对藏区的控制日益削弱。明季，四世班禅邀请蒙古卫特拉部迁入青海，和硕特部首领固始汗随后占领喀木（康区）、卫（前藏）、臧（后藏）并攻陷拉萨赶走了信奉噶玛噶举派的藏巴汗，使得黄教最终确立