国衙门派出。
其次，其主管单位为总督蕃洋列国衙门的二级机构拓殖局。
再次，都护、大都护之下设有负责政务的长史和负责军务的司马以及监察院派出的都监掌管具体职司，其中长史由吏部选调、司马由兵部派遣。
最后，都护府和大都护府的司法权并不像内地一样移交大审院，而是由都护、大都护本人署理，大致相当于军管。
此外，都护府、大都护府之下还设有相当于内地行省中州县一级的郡作为中间管理机构。郡根据面积大小以及统辖关系分为大郡、上郡、中郡、下郡、小郡五等，郡设置总管一名，其下按国内州县设置事务房，事务房同样设主政管理税收、户籍、治安等事务。
除了由都护府、大都护府直接管理的各郡外，还另外设置土郡。土郡根据面积大小同样分为五等，土郡总管分别授予主官土总兵、土副将、土参将、土游击、土守备的级衔以示与直属郡区别并表明彼此高下……
等了大约半天，正当无聊的诸葛枫叶把他所知道的都护府的设置重新回想一遍后，炮台突然再度鸣起了礼炮声，想必都护府的人已经赶到，礼炮正是通知诸葛乘坐的【白沙岛号】可以进港了……
比照着迎接皇帝钦