但更大的灾祸出现在安徽，由于清廷治河采取的是单纯保运（河）的策略，其他地方决口被认为是无关大局的，因此淮河两岸河道失修，再加上最近以来兵祸不止，忙于军前差役的各县顾不得派人上堤看护，于是遇到黄河水倒灌，一下子就撑不住了。
七月末，作为淮河上游支流的浍河、涡河、西淝河、北淝河、芡河、茨河、泉河、沱河、濉河、谷河、洪河相继决口，淮北大地一片汪洋。淮南凤阳、定远、寿县、长丰等府县也遭水淹，豫东、豫东南也不同程度的出现了水灾。
眼见得人为鱼鳖，好不容易熬到郑军后撤的淮安清军顿觉自己陷入了进退不能的地步，生怕淮安成为孤岛的常宁一连五道上书，请求引兵退回徐州，以确保鲁豫边境，康熙坚决不允。但到了八月初九，康熙不允也不行了。这一日，睢宁报遭大水围城，淮安其余各县也岌岌可危。于是常宁便顾不得北京的严令，急急忙忙带兵北返，临行前还派兵试图毁掉高家堰。好在留下的都是苏兵，不忍心自家成为泽国，这才没有引发更大的灾难。
然而，高家堰虽然暂时保住了，但是由于清郑之间依旧出于军事对峙的状态，根本没有办法保证大堤的维修，因此在第二年的大汛中，最终被汹涌的黄河水所冲垮