百官纷纷过江拜谒，郑克臧遂根据杨英等人的请求，遣一师兵力过江，驻守当涂，接着又命令淞崇守备部队回转原防，并将原本预定在苏北编练的三师新兵中的一个改为在常州编练。
此外，郑克臧还根据应天留守司留守陈彤的建议抽调随行各师兵马重组总兵力为二千人的应天戍卫军，至于原本的留守司人马连同收编的锦衣卫、旗手卫及甄别后收容的刘军残部则悉数打散编入各师，参与西征。
还是在八月十一日这一天，夏王妃陈纤巧率王府诸女过江，郑克臧遂命第二日诸部先行，自己与妻儿欢愉一日后，再追上大队。不过，久别胜新婚的欢愉并没有缓解因诸妻口述政变当夜的紧张而带来的满腔怒火。
八月十二日，在码头送走了妻儿之后，郑克臧便杀气腾腾的对部分政变参与者下达了正式处分。其中，已经战死的弋阳王朱道明等宗贵一律剥夺爵位，其余参与的各家王府则以就藩的名义加以流放，流放地全部都在舟山外海的无人荒岛上，并且为了防止其下海逃亡，又恢复了大衢山都督府的建制以便就近兼管。此外，明郑政权还会在其统治范围内追捕朱耷，不过海捕文书上并不直接宣传宁王叛乱，而是将朱耷描绘成害人童子的妖僧予以抹黑。至于忠于明室的一干大臣也将流