参军事改为三等参谋、行参军事改为四等参谋。由此推而及之，各师、团、哨的总参军、参军长、参军职也分别改为总参谋、参谋长、参谋。
武定帝登基大典刚刚结束，匆匆从琼州赶到福州的郑斌和兼任大都督府审官经历司司官的吏部左侍郎邓麟彩便在第一时间找到了郑克臧。两人一致要求郑克臧优先解决如今明郑在两省占领区内的几十名府州县正印官及辅弼官的缺额问题，而左咨议参军兼户部尚书林良瑞也跟营田经历司司官兼左侍郎顾同山忙中添乱，要求郑克臧帮助解决当年秋粮收获不足和来年垦种人口因战乱大量流失的问题。
面对这四名重臣的围攻，郑克臧不禁头大如斗，只得一股脑的将所有问题都推给了大都督府参军司。参军司连夜合议作出了没收李光地之流铁杆汉奸的家财田土并将福州周围旗丁圈走的土地无偿分配给投军百姓家庭的决定，同时为了避免刚刚晋封伯爵的蔡元书、王新化两人产生猜忌和误解，武定朝中央政府暂时不向两人占据的闽北、闽西各府县派出守令且原则上同意两人提出的保荐名单。
对于参军司以内阁名义作出的决定，郑克臧并无异议，只是提出“本人或祖辈曾经出任过伪职及投考过伪朝科举的只要能举城或率部来投且愿意接受明郑方