舰队的掩护下闯入黄河口。当时的黄河入海口在苏北云梯关一线，原是灌河的入海口，宋光宗绍熙五年（1194年），黄河夺淮以后，即变为黄河入海口，不过在康熙年间由于黄河几乎年年决口，因此冲积平原大肆向海中扩张，海口已经距离云梯关有五十余里之遥了。
不过云梯关在明代曾经是苏北海防重地，筑土城五座，设置大河卫，驻兵防守，清廷承明代制度在此也驻有漕标及河标各营，但是由于海岸线的东移，因此这些承平已久的守军官兵固然知道郑军在东南纵横，一时也无甚防备，自是被郑军一鼓而下。
云梯关失守之后，河道总督及漕运总督所在的清江浦便直接暴露在郑军兵锋之前，时任漕运总督董讷和河道总督王新命都是文臣，淮安知府更是没有经历过战事，所以上下一时惊慌失措，只得紧闭城门死守淮安，同时向在安徽的寿春镇、归德镇以及扬州、徐州等地求援。
由于清廷规定清江浦以北的运河只能由漕运船只通过，因此大量旅客都必须在此进行“南船北马”的交通方式的变更，所以清江浦当时繁华不亚于扬州、苏州。但关闭城门的命令一出却使得相当数量的商贾在此进退不得，不得已一众商人只能以各种方式向决定封门的两位总督大人求情及施加压