正当清廷自以为万无一失之际，广东的汉留组织策动添弟会、乾坤会、白鹤教等反清团体在粤北、湘南、湘西南及桂东起事，再加上其他反清团体的响应，迅速在上述地区掀起狂潮，在短短二十余天内，三省近二十州、县相继落到了义军一方。
十一月十九日，湘粤桂义军代表在三省交界的连州聚会，推荐桂东大豪杜煜天为督师，不过由于各方的利益无法调和，因此义军最终无法合力行动，各部自行其是，虽然给清军造成了更多的混乱，但势单力薄的义军无力与清军大队抵抗，只能继续流窜并为各地团练所困……
在全国的反清斗争再度高涨的时候，利用清军顿兵钱塘江和宁海一线的机会，郑军迅速扩大兵力并转移人口，截止到十一月二十日，浙东郑军的总兵力已经扩大到原来的两倍，更有超过一万五千户的百姓被迁移到舟山各岛，其中将有一半以上迁至台湾，其余的则将留置大衢山、岱山诸岛，在重新分配土地之后这些屯民将为大衢山都督府就近提供军粮等物资，以便将来为东宁减轻运输压力……
不过由于战乱以及郑军的大规模迁移人口造成的动荡，绍兴和宁波两地的秋粮收获并不足以支撑四万郑军的长期作战，再加上东宁的粮食储备也出猛降的趋势，因此