船外拢总保有一千料至三千料的福船、广船、艍船等型号运输船二百十七条，此前用在琼州方面的有六十五条。这些运输船每次往返需要三十五天左右的时间，单趟一次可以向台湾输送近八千五百人的移民。而在四月初郑军重返琼州之后至六月风期前，琼州已经向台湾输运了近三千户一万四千余口。八月风期过后，至郑克臧抵琼之前又陆续运输了四千三百余户近一万九千余口，可以说收获还是很大的。
但郑克臧却还不满足，因此他收罗一切可用的船只，在顾及各条航路的同时，又抽调了三十四条大型福船来承运，错非打狗、台江两队还要顾及闽海防御，他甚至有意利用西式战船的高速来进行人口运输。
由于台湾至琼州之间的航路与泰西各国进口广州的商路交汇，而明郑方面与葡萄牙、荷兰之间素有敌对，为了不至遭到上述两国及其他零星海盗船只的袭击，郑军被迫以澎湖、鹿港两队战船予以护航，这样一来，琼海的大门就彻底洞开了。
正是因为海路畅通，清军在六月登陆前后不但将大部力量投送到琼州，而且多次输运火炮、弹药、兵甲、粮食等缁补品南下，后来虽然因为风期及尚之信残部举义而暂时终止，但随着粤西北战事的告终又快速的恢复起来，不但若干补充