琉球营为老底扩编的，目前有五百人、福船十五艘，依旧以远洋捕鲸为主，统领由原猎鲸甲营营官颜道及出任，其不足人员由鹿港、澎湖、打狗三队轮流抽调并由台江队输送部分人员加入，该队的主要责任依旧是在没有大战的前提下保持水师官兵的斗志、磨砺他们的血勇；台江队则由双桅通讯船、独桅纵帆船、福船、鸟船、赶缯船、双帆艍船各两艘编成，作为事实意义上的水师学堂，台江队将负责对各队水手及武官进行操船、针路等方面的基础培训和指挥单一战船及小船队的进阶训练，该队统领由猎鲸乙营营官唐慎之出任。
郑克臧预计在未来两年内将台江队的职责移交给淡水队，在移交职责及部分舰船的同时，台江队将逐渐接收新建的夹板船，使之成为与打狗队一样的远航舰队。等台江队完成换装之后，郑克臧还将再陆续为鹿港、澎湖两队换装，最终郑军水师将实现主力夹板船化，只保留淡水队作为一支己训练、实践一体的混合舰队。
由于在淡水队完成换装之前，明郑无力把太多的力量投放到大陆，为了防止清军可能的反扑，所以陆师的整编也刻不容缓。为此，郑克臧首先宣布以童子营为幼武学，并以童子营的模式组织了武学。今后幼武学提供下级武官，而武学则负责普通士卒晋升