清，然也不想在战局未定前与明郑方面彻底撕破脸皮，于是两方便坐观郑军的撤退。
既然尚、刘二部都不敢稍越雷池，刘国轩自然布置安闲，因此至永历三十年的六月，除一部二千余人撤往琼州增强杨贤的力量外，刘部主力挟持万余惠州百姓及一应物资、粮秣完整的撤往了思明，进而分流东宁。
对于刘进忠的阳奉阴违，清廷异常恼怒，虽授其征逆将军头衔，然等平南将军赖塔大军控制潮州之后迅即将其逮捕入狱，随后押解北京问斩弃市。尚之信闻之大惊失色，便点起兵马渡海征琼州自赎。然而孙子云“君不可怒而兴师，将不可愠而致战”，结果不听兵圣所言的尚之信果然被老当益壮的杨贤用七千胜两万，打得狼狈而归。
琼海一役惨败以及郑军主力刘国轩部的回归，让清廷认识到明郑方面的实力尚存并非可以轻而易举对付的鱼腩，再加上此时湖南战事日益紧张，清廷主力陆续西调，因此为了尽快解决闽粤方面的威胁，清军内部对郑军该持“剿”的态度还是该持“抚”的态度出现了争执。
“康亲王、郎制军，下官以为如今朝廷用兵湘省，闽中实力已然空虚，对付郑逆还应镇之以静，或用招抚以殆惰其心志，若是那郑逆识相首肯自然是皆大欢喜，倘若是