、左、右、中等五个军。五军由名为总督五军戎政的高级武官统辖，每个军则分设提督一员、总理监营一员、左右协理监营各一员具体指挥部队。军以下为镇，有五常镇、五兵镇、五行镇、五援镇、五冲镇、五宣镇等名号不同的镇若干，每镇设镇将、监督、监营、督阵官、戎政司马各一员。镇以下为协，每镇设前、后、左、右、中五协，由协将统领。每协辖正领班五员，正领班又辖副领班二员。副领班辖班长、冲锋官各一员。班长和冲锋官各辖士兵五名。以这个编制，一协就有约二百人，一镇应该不少于一千兵马，但事实上由于郑军几经大战，又丢失了大陆兵源地，所以缺额甚多，所以常常连一半左右的数目都达不到。
也不是全部郑军都缺额甚多，至少由朱锦亲自掌握的五卫亲军就是大部满员的。五卫亲军指的是左武卫镇，由亲丁镇、左右戎旗镇、左右武骧镇改编的右武卫镇，左虎卫镇，由左右骁骑镇改编的右虎卫镇和编制特别、统辖亲随前后左右中等五营的銮仪卫镇。为了与普通的镇区别，五卫亲军的各镇设总兵一员，以示位尊。
郑克臧手里只有一百五十个正太，因此他只能以五人一组，每组设冲锋官一人，三组一班，每班另有班长一人计十六人，三班一队，每队另有领队及传令