结构采用了希腊十字架形状，与长方形的圣彼得大教堂或巴黎圣母院相比，外观上更呈方形。由于教堂前厅与祭坛之间的距离较短，圣马可大教堂透着一种粗犷坚固的气质，以及极大的亲和力。
不过，为了避免完全没有距离感，圣马可大教堂的祭坛隐藏在一道圆柱构成的屏障之后，顶上还有一个颇有气势的十字架。祭坛上方为一华丽天盖所笼罩，这便是全世界最珍贵的祭坛装饰品之一——名扬四海的“黄金围屏”。这块“金色布匹”其实是一道宽阔的镀金银质背景幕布，称其为布匹只是因为它将以前的一些杰作——主要是拜占庭珐琅瓷片——融合在一起，交织成一个哥特式的框架。由于上面装饰着大约一千三百颗珍珠、四百颗石榴石、三百颗蓝宝石以及大量祖母绿宝石、紫水晶和红宝石，“黄金围屏”与圣马可的驷马一起被视为威尼斯最有价值的珍宝之一。
从建筑的角度来说，“大教堂”一词指欧洲或西方修建的任何东拜占庭式的教堂。由于仿造了君士坦丁堡的查士丁尼圣使徒大教堂，圣马可大教堂具有典型的东方风格，所以旅游指南常常建议游客们将它视为参观土耳其清真寺的一个可行的替代项目，因为很多穆斯林的礼拜堂就是由拜占庭式的教堂改造而成的。
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