日，次日便是除夕。
［清朝六部实行满汉分开制，即有一名汉人尚书，就必须有一名满人尚书；有两名汉人侍郎，也就必须有两名满人侍郎。］
郑敦谨到达江宁后，立即会同曾国藩，召集江宁的司、道、府、县各级官员，详细查问案情。孙衣言一心想为马新贻报仇，一上来就侃侃而谈，说：“背后主谋倘能逍遥法外，则天下将无畏惧之心，又何事不可为？所以这一案办得彻底不彻底，对世道人心，关系极大。”机锋一开始就露了出来，这就是“背后主谋”四个字。包括曾国藩在内，官员们都没有说话。
隔了两天，正月初二，郑敦谨便正式开始审案。参加会审的人最初定了六人：钦差大臣郑敦谨和他的随员伊勒通阿、颜士璋；两江总督曾国藩和他委派的江安粮道王大经、江苏题补道洪汝奎。后因为孙衣言、袁保庆二人为马新贻心腹，担心二人不服，将二人也加了进来。
张文祥依旧是那套老办法，信口回答，但遇到紧要关头，便闪避不答。审讯一连进行了十四天，没有任何进展。看到郑敦谨着急了，一直默不作声的曾国藩突然说：“将来只好仍照魁玉、张之万二公原奏之法奏结。”他的语气很平淡，但却透露着不容否认的坚定。
郑敦