了一定民心，他一度很受鼓舞，又提出了“应办最要者六条”，即：培养民生以筹办善后；修筑运堤以宣防河务；清查官亏以讲求吏治；选择将才以整顿绿营；酌留水师以联络江防；恪守条约以办理洋务。当然，他自己心中最清楚，这六条中，“清查官亏以讲求吏治”、“选择将才以整顿绿营”、“酌留水师以联络江防”三条，其实都是有计划地针对湘军的。
为了有效地制衡湘军，马新贻还与手中握有淮军的李鸿章暗中结成了联盟。当时，湘军和淮军的军饷主要来源于两江地区，李鸿章为了保留自己的淮军精锐，主动向马新贻求助军饷。马新贻爽快地答应了，大大增加了淮军的军饷，此长彼消，湘军的军饷自然被相应的削减。如此一来，不提马新贻所谓追查太平天国宝藏下落的秘密使命，单是此一项，便是公然得罪了曾国藩和湘军。军饷减少涉及最切身的利益，湘军中大大小小的人物无不因此对马新贻切齿痛恨，甚至包括那些已经退伍的湘军。湘军戾气本重，最终形成了湘军暗斗马新贻和淮军的局面。淮军尚有旧情可念，马新贻则是有怨无恩，首当其冲。
然而，尽管马新贻采取了种种措施来抑制湘军，但他很快就发现他自己确实是过于乐观了。湘军势力根深蒂固，从军队到后勤自成