了，司徒雷登认为，抗战是个长期过程，沦陷区的中国人民需要教育，反抗日本人推行的奴化教育，燕京大学应该成为沦陷区的一面反抗旗帜。
燕京大学在此后的四年中，一直坚持独立办学，拒绝与日本占领军合作，大学校园成为抗战师生的大本营，师生们在司徒雷登暗中支持下，从事着各种抗日活动，日本对此不是没有察觉，可司徒雷登的名望极高，美国政府极其关注，这让日本人投鼠忌器，毫无办法。
太平洋战争爆发前夕，美国政府已经察觉战争有可能随时爆发，北平美国领事馆领事亲自拜会司徒雷登，希望他能离开北平到大后方去，但司徒雷登还是拒绝了。
司徒雷登不是不知道危险即将来临，但他更清楚，作为燕京大学校长，他已经成为燕京大学所有学子心目中的抵抗象征，而燕京大学则是北平教育界的抵抗象征，作为大学校长的他，必须坚守岗位，战斗到最后一刻。
太平洋战争爆发后，司徒雷登和燕京大学的所有外籍教师均被捕，不过他与其他人不同，美国也同样扣押了日本在美国的外交人员和侨民，美国政府在中立国瑞士，与日本政府按照外交惯例进行外交人员交换谈判。
在谈判中，美国政府明确要求将司徒雷登列入