吴绍霆在胡汉民上船北去的当天下午，下令关闭华丽辉煌的政府会馆，将政府会馆归还给当初捐赠的华侨商人。这一举在广州引起了一阵热议，褒贬皆有，不过很快就淡忘下去了。新都督府设置在两广总督府旧址，广州参议院依然留在昔日的将军府。
新都督的上任必然要组建新的政府班子，吴绍霆改军事部制度为军事联席会议制度，他坐在了都督的位置，当然不会让任何人接替自己的旧职。军事联席会议设六个主席，分别由革命粤军三个师师长、参谋部正副参谋长以及参议院副参议长出任；次席若干，由师部、团部、参谋部高阶军官出席。
联席会议制度只是虚设，兵权自然只能由一个人来掌管。
新政府仿效临时政府的内阁分部，暂时拟定为八个部门。
海军部部长由广东水师部队公选，推举“楚泰”号舰长高广征为部长，“广庚”号舰长任光宇为次长。教育部部长为未曾跟随胡汉民北上南京的朱执信，次长为陈少白；新闻部部长莫纪彭，次长邹鲁；财政部长依旧是李煜堂，次长为资产阶级代表张潮安；商务部长张直，次长许雪秋；交通部长为旧官僚代表许汀芳，次长为君宪派代表郑泽生；政务部部长为昔日县府李文本，次长是另外一县县府