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但是，这项工作的进展并不顺利，当时有一个阻力不合时宜的挡在唐健面前，那就是南海上的海盗，南海海盗的由来历史悠久，从汉朝时期就已经产生，可谓是历经千年而不灭。
所以，这个顽固的问题随着南海贸易的逐渐发展而凸显在了唐健的面前。
这些南海海盗手段狠辣，不管是华人商船还是其他国家的商船都照截不误（当时的唐健并不知道兰芳蛮从来不截华人商船，华夏，包括英国、荷兰、西班牙、法国等国的商船都被南海海盗袭击过。
虽然英、法等国曾大力围剿过南海上的海盗，但是南海上的各种小岛星罗棋布，极易藏匿，即使在英法等国的大力打击之下，南海上的海盗也未曾消失过，一旦打击力度减弱，南海海盗又会死灰复燃。
南海海盗不仅是列强头痛的问题，也让唐健很头痛，因为华夏的商船队在一个月之内就被截过四十多次，大大影响了东南沿海地区的经济发展，唐健一怒之下，严令南海舰队以海南的海口和台湾的高雄两港为基地，大力清剿南海上的肆掠的海盗。
唐健这一次的打击力度不可谓不小，因为南海舰队除了保卫华夏南部海疆外，剩下的时间就专门用来清剿海盗了，这不同于英法等列