然也有几个部落一时眼红，忍不住干了几票强抢农场的事情，但很快就被中华军灭族，因此其他部落大多都选择和中国人合作，或者受中国人的雇佣，在农场、工场是工作，而最终的命运是被中国逐步的同化掉，也有一小部份干脆举族搬迁，搬到吕宋群岛南部的棉兰老岛、苏禄群岛、巴拉望岛等地居住。
商毅在马尼拉的行宫就设有马尼拉总督府对面的马尼拉大教堂，也就是以前的奥古斯丁大教堂，当然现在是由耶稣会在使用。
马尼拉大教堂是马尼拉城里规模最大的建筑，又正好在马尼拉总督府的对面，因此做为商毅的行宫是最合适的，而教堂里的传教士们对此也并无异议，因为现在耶稣会和中国政府、皇室、皇室的成员还保持着十分良好的关系，能够取得在吕宋地区的传教权，也完全是中国，甚致是商毅个人作用的结果，因此传教士们对商毅也十分感激，再加上中国皇帝下榻到自己教堂居住，也是一份极大的荣誉，传教士虽然都是出家人，但也是有虚荣心的，人人都觉得很有面。
因此传教士们也十分配合，立刻让大部份的传教士、教友、信徒都搬到马尼拉城外的其他教堂去居住，只留下了小部份传教士，并腾出了大部份的房间，供商毅和随行人员居住。