了内阁、国防部、统战部的开会商议之后，也做出了决定，这次出征日本的陆军，将出动山东军区第九军、北京军区第十一军，海军将出动北洋舰队第一、第二分舰队，分为南北两路向日本发动进攻。
南路将由山东军区第九军和北洋第一分舰队组成，从登州出发，在九州岛岛登陆，首先占领九州岛岛，作为这次中国进攻日本的基地，随后进攻四国，对本州岛岛的中部形成危胁，而北路由北京军区第十一军和北洋第二分舰队组成，首先到达中国在朝鲜的军事基地釜山，并以釡山为后方，渡过对马海峡，直接在本州岛岛的西南部登陆，首先救援受徳川军进攻的长州藩，然后两路合击，由西南向东北发动进攻。
同时由北洋舰队的第三分舰队付责运送物资、保障后勤等工作事务。
而商毅御驾亲征，也从皇宫护卫军中抽调了一个师、一个旅做为商毅的护卫兵力，而海军部也调集了以一级战列舰岳飞号，和三级巡洋舰四艘、四级驱逐舰二艘、五级护卫舰二艘，另外加上辅助战船四艘，一共十三艘舰队，成商毅的专门御驾舰队。
御驾舰队首先随南路军进攻九州岛岛，然后再到达本州岛岛，和北路军汇合，在本州岛岛指挥作战。
而在对荷兰方面，