商毅等人进入北京之后，当然是入主到紫禁城里居住，因为北京的紫禁城和南京紫禁城的格局和名称几乎是完全一样，因此每人居住的地方，也和南京一样。
虽然清廷入关之后，对北京紫禁城进行了一些修改，但由于清廷进入北京的时间并不长，因此紫禁城的格局也并没有大动，只是把李自成进北京之后破坏的地方进行了修膳，基本使北京紫禁城完全恢复的原貌，相比之下，南京的紫禁城还有少数的损坏宫殿并没有被修复，因此北京紫禁城看起来到显得更为整齐一些。
而这时紫禁城里也早己经扫得干干净净，由其是供商毅、叶瑶瑱、亚莉桑徳拉三人居住的干清宫、坤宁宫和咸福宫，还有御书房里，也全部都布置一新，静待他们入主居住，虽然商毅在北京的日子里未必就住在干清宫里。
在清廷投降之后，福临等皇族成员在皇宫里还住过一段时间，然后根据南京内阁的命令，将他们迁移到北京郊外的劳改农场里，参加劳动改造去了，当时每人准许带两名随身伺候的太监或宫女，而其他的太监宫女则全部留在皇宫里，另行处理。
清廷的皇宫机构和制度都是继承的明制，虽然清廷入关只有七年多的时间，但皇宫里的二十四监机构全部都设置整齐，