科学界，其中著名的科学家有笛卡儿、伽利略、达芬奇等人，在天主教内部以及其他新教都怀疑他们在建立某种秘密组织，有图谋不轨之心，因此在欧洲的许多国家都不喜欢耶稣会，甚致驱逐耶稣会的传教士，迫使耶稣会只能向欧洲以外的地方发展。
吕宋地区的传教最初是由奥古斯丁会主导，而奥古斯丁会才是天主教最主要的分支教会之一，现在要求把过去属于奥古斯丁会的传教区划分给耶稣会，当然会引起不少人的不满来。
因此在教庭内部有许多人都不同意耶稣会提出的要求，认为耶稣会应该退出吕宋，把它还给奥古斯丁会，甚致还有少数狂热份子人叫嚷对中国再发动一次十字军东征，以武力夺回吕宋，不过立刻被教皇英诺森十世所制止。
英诺森十世心里十分清楚，现在的天主教早己不在是当年那个在欧洲一呼百应，可以兴风作浪的政教合一的教会，而且三十年战争之后，天主教的保护者，哈布斯堡王朝己经衰败，天主教己经被迫承认路德教、信义会、福音会、加尔文派等新教组织，在天主教内部尚且如此，还拿什么组织新的十字军东征呢，除非是主真的显一次灵还差不多。
现在耶稣会来请求天主教总部确认，在吕宋地区的传教权，说白了那不