会指派到部落衬社的牧师，实际就是基层的民政官员，拥有对土著进行收税，审判，处罚，行刑等权力。因此历任的菲律宾总督和大主教之间，都有很大的矛盾，当然在对外方面，两者还是能够基本保持一致的。
这一次来说，进攻南京商馆的大目标，双方是一致的，但查孔从军事角度出发，认为应该先弄清楚敌人的人数，实力目地，然后再发动进攻。但大主教却认为，这样太耽误时间，被异教主抓走的主的忠实仆从会有危险，应该立刻出兵，对异教徒发动进攻，解救主的忠实仆从。至于敌军的情况，完全可以无视，因为在主的光泽指引下，异教徒是注定要失败的。
第四卷 纵横篇 第二四一章 传教士的调停
查孔毕竟是一个军人，虽然也是天主教的信徒，但对这种信天主得永生的论调并不相信，因此坚持一定要侦察清楚敌人后，再出动人马。当然其中也有一点故意给大主教一个难勘的意思，虽然教会控制了吕宋岛的基层，但还是要靠总督府的武力做后盾。
而弗郎西斯科一向都是以主的代言人而自居，在他看来自已的言行就代表了主的言行，其他人只有服从的份，那有这么推三阻四的，因此也拧上了劲，非要査孔立刻出兵不可。并且以违备主的意愿