不过各舰队的最高长官将称为分舰队司令员。如果海军有出战任务，由多个舰队联合组成作战部队，将临时任命以联合舰队司令官，指挥作战。
由于跨海突袭作战取得完美的成功，因此人们的观念也在逐渐转变过来，这才完全理解商毅当初坚持要大力发展海军是多么有先见之明，对海军的作用也日益和重祀起来。
以目前海军部的规模来说，保护现在的中国沿海，以及威助震慑清廷的沿海、周边的日本、琉球、仍致菲律宾地区也是基本足够了，但想将南京政府的海上势力扩展到更远的巴达维亚、澳州、甚致是印度地区，就显得有些不足了。毕竟中国的海岸线太长了，保护起来也需要庞大的兵力和舰队。
而且商毅也知道，清廷也己经开始建造战船，发展海军，虽然说清廷的海上基础十分薄弱，不仅缺少相关的技术人员，就是船员、水手也严重不足，加上海上观念更为落后，因此建立一支强大的海军，决不是二三年就能完成的事情，但也不能不防，毕竟清廷有了海军之后，也有可能从海上向南京发动偷袭。
好在是收复了南京之后，江南造船厂对开始重新生产大型战船，因此商毅也决定，在明年把海军部编制出第六支分舰队来，使主力战舰的数量