夺取了南京之后，李岩留守南京，付责南京的重建工作，经过了大半年的恢复之后，南京的人口己经达到了二十五万左右，七八成的城区建筑都己经重新建好，其中有一大半是由政府出资修建，但也有相当一部份是私人自建，而这一批人都是准备借南京重建的机会，在南京定居，或者经商的商人、富户。他们的到来，也带动了南京的恢复重建工作的进程，因此计划应该是九月才能搬迁，但在六月的时候，就已经可以了。
而且在南京重建的同时，从杭州通向南京的新路，也己经完工，这条新路仍然是沿着过去的官道修建，由杭朻出发，经湖州进入常州府宜兴县，再到应天府溧阳县、句容县最终到达南京，全长约三百多公里。按正常速度，大约需要三到四天时间，如果以快马加急，则一天就够了。
在顺治四年（1647年）六月十日，商毅也开始正式由杭州将行政中心迀移至南京。虽然这也相当于是一次迁都，不过并没有那么复杂，南京的各部门办公的位置，用具，以及人员的住所都己经安排好了，因此各部门只用把各种文件资料搬到南京，就可以马上开始工作了。整个过只用七天，从六月十日到六月十六日，基本全体人员都从杭州出发，只留下杭州的地方官员。