舰队中，同样还有大量的中小战船。因此在第二军向清军的莫愁湖防线发动进攻之后，和第二军协同作战的长江舰队第二分舰队的战船和第一分舰队的护卫舰都从秦淮河驶入，直逼清军的阵地。
当然舰队从外秦淮河驶入，也是有一定的风险，因为外秦淮河也是南京的护城河，离南京的城墙很近，如果清军有足够的火炮，可以给舰队造成很大的杀伤，只是分派了城外的五个据点之后，清军在城内的火炮巳不足百门，加上一百五十多架抛石器，但都集中在东南的皇城一带驻守，因此虽然守城墙的士兵可以清楚的看到商家军的战船从自己的眼前驶过，但也拿它们毫无办法。现在派人去调火炮来，也来不及了。
清军的莫愁湖防线，是背倚外秦淮河而设的，因此等舰队驶入之后，清军防线的整个后背，也全都暴露在舰队的炮口之下。
驶入外秦淮河的舰队中，有护卫舰十一艘，每艘船上备配火炮三十门左右，这时也一字排开，向清军背后开火轰击，其他装配了火炮的战舰，也都纷纷开火，没有装配火炮的战舰则发射霹雳火箭，或者用船上的管风琴枪射击。
虽然说清军有战壕可以藏身，但也不是所有人都能躲在战壕里，而且在战壕以内，还有帐蓬，临时搭建的房