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三天之后，商毅的一行人马到达南京外城的小安徳门附近，成进的第一军己经在这里扎下了大营。这时其他各路人马也都基本到达了自己的阵地。
南京分内外两城，内城才是真正的南京城区，城墙都是用米汤、蛋清调灰烧制的青砖砌成，高大宽厚。而外城实际是一道不高的土围墙，而且连续长达一百余里。
这时清军在南京城中的总兵力约有九万左右，其中满旗和三大营的人马约有两万余人，汉军和绿营约有二万六七千人，其余全是其他降军。主要的将领有：屯齐、鳌拜、满达海、刘之源，李思忠、士彦、郝效忠等人。另外有各种火炮二百七十余门，火铳一万余杆，霹雳火箭六百余简，震天雷六千多个。
自从商家军对南京地区的合围完成之后，多铎也知道大势不妙，于是也在南京城内开始布置准备守城的计划，虽然说清军的兵力确实不算少了，但南京的地区实在太大，而城墙又太长，清军的兵力仍嫌不足，根本不可能把防线扩大到外城一线，因此多铎也决定把南京的外城全都放弃，把防线布置在内城和内城的外围地区，集中兵力驻守。
清军占领南京时，南京城里的居民只有七八万，经过了近一年的时间发展之后，现在南京城里