当然现在跨海突袭的行动也可以向各地的商家军公布，以提高各部军队的士气，同时这也是向整个南方宣扬商家军辉煌战绩的大好机会，毕竟这次的胜利不同于以前，商家军攻占的是清廷的旧都。虽然暂时还不知道南方各地的反应，但在江浙一带，商家军的所有部队得知了这一消息之后，也无不欢欣鼓舞，士气大涨。
而商毅也立刻下令，开始实施收复南京的第二阶段军事行动：首先命令长江舰队出击，向清军的水军发动进攻，彻底封锁南京段长江的江面。
同时又命第三军驻守镇江，第一军和第七军联合出兵，进攻宁国府，第二军也抽调兵力，进驻和州，准备渡江攻击太平府，对南京形成彻底的合围之势。
商家军夺取了镇江府之后，长江舰队就驻汨在仪真到高资镇一带，对南京虎视眈眈。而清军的水师在上一次战败之后，也退守进龙山船场，这时清军在龙山船场里还有一百五十多艘战船，另外在九江鄱阳湖一带，还有约二百余艘战船。不过现在清军的水军都不敢再出击向商家军进攻，而且全部采取守势。但商家军因为等待北方的消息，也没趁势再发动进攻。
同时商毅和黄震等人经过开会讨论，又下令调海军部第五分舰队进入长江口作战，以增援长