事敢临阵脱逃，守城不力者，一率斩首。黄州城的南面靠着长江，因此只用驻守东西北三面，而尚善也下令，将东西两面的城门堵死，只留南北两西的城门出入，同时又把南城外的船只全都驶到江南停泊，在江北不留一艘，这样也彻底断绝了守军的逃生之心。
而且趁着商家军修整扩编的这二十几天，清军也没有白白浪废，也抓紧了难得的时间，加强黄州的城防。在东西北三面的城墙上，都建造了许多炮台，并且制造了大量守城的工具器械，还拆毁了数百间民房，而拆下来的木材、石料、瓦片等物，也全都用来守城。
同时尚善也做好了和商家军打巷战的充份准备，在黄州城内的街道上也层层设防，俢筑了大量的防御工事，箭楼、堡垒等等，在城内也形成了两道防线，就算黄州的城墙被商家军攻破了，清军也同样可以依托城内的工事抵挡商家军的进攻。
最让人感觉到意外的是，尚善居然在最有可能受到商家军攻击的北门掘出了二道战壕，相隔约有十丈，并且也用泥土布袋在战壕边上垒成矮墙，并且把火铳兵和一部份弓箭手放在第一道战壕里驻守，到是把商家军的这一战术学了个七八成。但不同的是，在第二道战壕里，派遣了一部清兵驻守，准备等商家军攻到战壕边之后