清廷为收揽人心，接纳并让他出任礼部侍郎兼翰林院侍讲学士。
清军攻破了南京之后，多尔衮为了速度招抚平定南方，曾下令在京文武官员可以自荐报名，出任南方各省的招抚工作。虽然这时商毅依然驻守在浙江，抵抗清军，而且南方又有数王被拥之起来。但从表面形式上看，清廷的威势几乎己经席卷了全国，占据了绝对的优势力量。因此一些热衷功名的无耻之徒也都觉得有机可呈，于是自告奋勇，要求出使。希望可以凭借清朝兵威，谋取富贵。
而孙之獬自然也不甘心落入人后，而且还别出心裁的上了一表，称自己：“占卜了一课，得辞云：‘时乘六龙为帝使东，宣达诏命无所不通。’今皇上龙飞正时乘也，若臣得奉命则为帝使矣。无所不通则成功矣。一生勋业留俟今日，臣不敢违天自逸，以取谴戾。”
同时为了表示自己对清廷的忠心，并博取多尔衮的好感，在第二天上朝时，孙之獬不但剃了发，留了辫，还改穿了满族官吏的服装。
结果在朝堂站班时，孙之獬首先想站到满族大臣的行列。但满族大臣都自谓高人一等，自然不屑与孙之獬同班，于是将他推挤出去。而孙之獬想回到汉族大臣班列时，汉臣们又恨他过于逢迎求宠，也不让他入班。结果让