而商毅付责的防区是从皇宫北部的太平门、小校场、府军右衙、国子监，一直沿伸到钟鼓楼。将依托河流进行防守。
钟鼓楼是南京城中最高的建筑，也是西北部的分界点，西北一带在南京城中，属于比较偏避的地方，但在南京城西北角的金川门，是商家军的水军驻扎的地方，在必要的时候，也很方便从城中撤离。而且站在钟鼓楼上，基本可以俯视南京城的全局，也有利于指挥城内作战，因此商毅也决定，把这里做为商家军在南京城里的驻防核心，并且和皇城一带形成互相呼应。同时也把自己在南京的指挥部定在钟鼓楼。
这样一来整个城内的战场，将是以皇宫以西，钟鼓楼以南的南京中部地区。大约占南京城的四成左右，而城墙包括南边通济门到石城门的一长段地区。
玄皇教主和明石姬对商毅这样的布置也十分满意，因为商毅并没有染指皇城的控制权，而玄皇教的责任只是守住皇城就行了，毕竟皇城是有城墙可守，而且在城市内作战，清军也无法使用大型的攻城武器，而在城中的大部份的任务，都是由商家军来承担。因此也同意了商毅这样的安排。
随后商毅又问道：“居我估计，现在清廷己经在南京城中安插了不少细作，上一次不是让你们