剩下的人口物资一起带回杭州。而台湾士兵留下两千人，驻守琉球，以半年为期，轮流驻守。
运抵台湾的日本人中，工匠和男人将集中参加基隆煤矿的开釆工作，一边开釆一边学习汉语，而女人将首先接受必要的汉语训练，达到能够使用汉语进行一定的简单对话，简单的表达自己的意思，然后分配给移民台湾的单身男人，组成家庭。
接下来就是整顿琉球王朝，在刚刚攻占琉球的时候，曾经将首里的亲日派势力整顿了一次，而这次就是针对地方上的亲日派势力。
当然商家军对琉球的内部事务并不熟，也不分不清楚到底谁是亲明派、谁是亲日派，但亚莉桑德拉却祭出殖民者屡试不爽的以夷治夷手段。先任命在清理亲日派时有出色表现的郑充中为国相，执撑琉球王朝的朝政，蔡锦、金应元为长史、吉时逢、翁镇为议政大夫，这些人自然都是亲明派的大臣，另外最早投降的两名琉球军韩建中和刘克军也被委以重任，成为琉球军的最高统领。然后由这些人来完成对亲日派的大清洗。
对于这些任命，身为琉球王的尚贤当然不敢有任何反对的意见，因此很快就在琉球建立了一个基本亲眀的政权机构。虽然说还不能完全把亲日势力完全清除干净，但只要商家军在琉