过在南征以前三大营及绿营的编组肯定难以完成，因此这次南征，还是将以满汉八旗的编制为主。
另外，为了能够更好的指挥南征，及时处理紧急军务之用，多尔衮又下令，在皇宫的隆宗门内设置军机房，专门处理与南征相关军务，可以专事专报，直接对多尔衮付责。
军事方面的事情大体就是这些，而在政务方面，多尓衮宣令，中枢机构的官员，必须由满人出任，汉官不得入阁理，而六部九寺之中，也必须一职设二官，分授满汉，官吏选拔，也应是以满人优先，辽人（即关外的汉人）次之，关内汉人最次。同时大力提倡满人保持民族风俗习惯，禁止满汉通婚等等。
而在经济方面，多尔衮下令，继续推行圈地令，并将圈地范围扩大到河间、滦州、遵化等地，圈田所到之后，原有田主即被逐出，室中所有，皆归圈田之主其有也。而八旗官兵所受之田，不许越旗卖价及私售于民，违者按律治罪。
为了禁止旗内包衣逃亡，多尔衮又颁布《督捕则例》，设立专门的督捕衙门，督捕逃亡的包衣，规定查获的逃人鞭打一百，归还原主。而藏匿逃人者从重治罪，本犯处死，家产没收，邻里、甲长、乡约，各鞭打一百，流徙边远地区。这也就是俗称“逃人法”。