之后，桦山久平也不顾主将还没有赶到，就留下少数兵力守卫平良岛，自己带领着大队船队，向石垣、西表两岛进攻过来。
萨摩船队到平良岛之后，立刻被西表、石垣二岛上的西班牙军发现，两名西班牙军官莫亚和阿尔维斯经过商议之后，决定率领船队主动出击，先给萨摩船队一个迎头痛击，同时也派人向浙江报急，也派人到台湾，请驻守台湾的沈寿岳派兵来支援。
正好这时桦山久平也率领着舰队向石垣岛进发，双方在先岛诸岛中部的水纳岛海域遭遇，展开激战。
在这一战中，西班牙雇佣舰队一同投入十五艘战船，都是中小型战舰，最大的是八百吨的皇家园林巡游者号，另外还有四艘七百吨战舰、六艘六百吨战舰，四艘五百吨战舰。而萨摩船队出动了二十六艘战船，不过这时日本的造船技术十分落后，最大的一艘也不超过五百吨，还有八艘两百吨以下的小船。结果一方船少但体大，而另一方小则多，算成总吨，还大致相当。
但一打起来可就满不是那么回事了，因为日本的海战理念依然停留在当初的丰臣秀吉侵朝战争时代，仍然是以靠近用火箭射，然后接舷跳帮战为主要战术，萨摩船队的船小不说，而且配有火炮的战船竟还不足十艘，而且最多的一