其实在这个时候，南京朝廷多少也有了一些警觉，因为向清廷求和的使团北上之后，只有陈洪范一人回归，其他两位使臣都被清廷扣押，也足以说明，清廷并没有与南明讲和的意思。因此在新年之后，南京朝廷也开始正式商议，抵抗清军，保住半壁江山的布置。
就在这个时候，商毅所写有关于商家军在山东与清军之间的第二次战争经过的拆奏，连同清兵的俘虏和战利品也送到了南京朝廷，当然在《杭州时报》上，对这场战争也有详细的报导。因此南京的民间人士也在差不多和朝廷同时知道了消息。
虽然第二次山东战役中，商家军丢失了青州，但总体来说，还是抵挡住了清军的进攻，一共歼灭了两万多名清兵，也算是一个不少的收获了。而且从去年八九月起，一直到现在，只有商家军这一支军队在顽强的与清军作战，并且取得了很不错的战绩，成功的保卫住了山东的登莱地区，而在此其间，南京朝廷设立的江北四镇人马，共计兵力超过了二十万，却没有一点行动。双方的表现也形成了鲜明的对比。
由其是现在，清军南侵的意图己经越来越明显了，因此商家军在民间人士和中下层的官员，心目中的地位也越来越高。再加上《杭州时报》的引导，在民间要求启用商