在凤阳、庐州一线还有刘良佐和黄得功两镇人马驻守，合计兵力超过十万，从这一线进军，也未必可以轻易取胜。而淮安府本是高杰的防区，现在高杰己死，李成栋己降清军，这一线的防守兵力大减，而且还可以利用李成栋，继续招降高杰的余部。因此这才是清军最佳的进军方案。
而这时高杰余部李本深和胡茂祯保着高杰的遗孀幼子驻守在淮安府，大约还有两万人马，其余人马分布驻守在睢宁、宿迁等地。但现在这些人马的意向都让人难以预料，也不能予重任。因此商毅也向史可法建议，将李本深和胡茂祯调到其他地方驻守，由自己领军马进驻淮安府，迎战清军。如果清军不走这一条路，而是改攻凤阳，那么自己就率军北上，直捣徐州，迫使豪格撤军。
史可法也认为商毅的意见可行，因此下令李本深，率军移居扬州府治内的高邮州，由商毅率军进驻淮安府。另外又下令刘良佐进驻凤阳、黄得功进驻泗州，以防清军从另一路进攻。
同时商毅又向史可法要求，第二批过江的商家军第三师将分兵两部，一部驻守扬州，做为接应人马，另一部驻扎江南常州，接应浙江运用的物资，并且让商家军的海军的战舰在扬州江边停泊，另外还要在扬州为商家军安排仓库，存放物资。史