阿巴泰也松了一口气，立刻查点人马，在他到达山东时，清军的总兵力接近六万，满八旗兵约有万人，而现在只剩下三万六千多人，满八旗兵不足七千。原明降军也当炮灰都用光了。损失达到了四成。阿巴泰也知道，扫平山东是不可能了，能把现有的地方守住，就很不错了，因此也重新分配兵力，驻守山东各处，同时也招收山东地方的原明军和豪强武装，扩充自己的兵力。
另外阿巴泰又写了一份详细的奏章，送到北京，汇报了整个山东战事的经过和结果，听候朝廷的决议。
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清军从潍县撤军之后，商毅并没有派兵追击，也没有趁虚去攻取潍县。一来潍县并不是什么战略要地，取与不取，用处并不大，相反留给清军还能分散一部份清军的兵力，吸引清军不停向潍县供应物资，也给商家军许多可趁之机。而另一方面，经过了连续作战之后，商家军也十分疲劳，也需要时间来修整，总结。
这是商家军与清军争夺山东的第二次战争，历时近三个冃，双方投入的兵力相加，接近十万，而且双方都动用了大量火器，有几分十五十六世纪欧州战争的样子了。
虽然在战争的一开始，商家军由于战术失误，陷入下风